Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Sembilan telah ditubuhkan pada 1 Januari 1950 di bawah satu peraturan yang dinamakan peraturan Majlis Ugama 1950 bertujuan mengendalikan hal ehwal masyarakat Islam di Negeri Sembilan.

Bagi memenuhi objektif yang ditetapkan, kerajaan telah meminda peraturan Majlis Ugama 1950 kepada Undang-Undang Majlis Agama Islam 1957. Kemudian dipinda lagi kepada Undang-Undang Pentadbiran Hukum Syarak 1960 yang kemudiannya dimansuhkan dengan berkuatkuasanya Enakmen Pentadbiran Hukum Syarak (Negeri Sembilan) 1991. Seterusnya mulai 1hb Mac 2004, mula dikuatkuasakan Enakmen Pentadbiran Agama Islam (Negeri Sembilan) 2003 dan enakmen sebelumnya adalah terbatal.

Jabatan ini menguatkuasakan enakmen-enakmen lain termasuklah Undang-Undang Keluarga Islam (Negeri Sembilan) 2003,Enakmen Jenayah Syariah (Negeri Sembilan) 1992, Enakmen Prosedur Jenayah Syariah (Negeri Sembilan) 2003, Enakmen Keterangan Mahkamah Syariah (Negeri Sembilan) 2003, Enakmen Tatacara Jenayah Syariah (Negeri Sembilan) 2003 dan Enakmen Tatacara Mal Mahkamah Syariah (Negeri Sembilan) 2003.

Berasaskan cadangan yang dikemukakan oleh Y.B Tuan Pegawai Kewangan Negeri Encik Harun bin Baba semasa beliau memangku jawatan Yang DiPertua Jabatan Hal Ehwal Agama Islam ini dalam tahun 1976 yang lalu, sebuah bangunan tiga tingkat yang tersergam indah terletak di atas sebidang tanah seluas 1 ½ ekar, di atas bukit berhampiran dengan bangunan-bangunan Masjid Negeri di sebelah selatan, Dewan Undangan di sebelah barat dan Felda di sebelah Utara, menghala ke Jalan Lister dan Taman Tasik Seremban, maka terdirilah bangunan baru Jabatan Hal Ehwal Agama Islam, Negeri Sembilan dan dirasmikan pembukaan oleh DYMM Tuanku Ja'afar  Al-Haj Ibni Almarhum Tuanku Abdul Rahman Putra Al-Haj, Yang Dipertuan Besar Negeri Sembilan, pada tanggal 10 Syawal 1400 Hijrah bersamaan 21 Ogos 1980.